高中生侦探工藤新一，被称为“日本差人的救世主”、“平成年代的福尔摩斯”、“关东的名侦探”。一次在与青梅竹马毛利兰去游乐土游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。工藤新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人琴酒趁其不注意从后毛他一棒击倒，并灌下一种名为aptx-4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是工藤新一化名为“江户川柯南”寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲毛利小五郎来找寻黑衣人。不料小五郎不但对其没有帮助，还是个莽撞的迷糊侦探。所以发生案件后，柯南就用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让小五郎睡着，接着用蝴蝶结型变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多连警方都束手无策的案件。同时也交友了许多同伴，也一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子……
